Nella seconda parte, Francesco affronta le difficoltà della sua crescente comunità e il difficile rapporto con la Chiesa istituzionale. Il suo messaggio di pace e umiltà lo porta a dialogare persino con il Sultano durante le Crociate, mentre la Regola francescana viene sottoposta a modifiche per ottenere l’approvazione papale. Con il peggiorare delle sue condizioni fisiche, Francesco si ritira in preghiera, ricevendo le stigmate e avviandosi verso il suo ultimo viaggio terreno. La miniserie si chiude con il riconoscimento del suo carisma universale e la sua eredità spirituale.